Ensamblaje de novo y anotación funcional in silico de las toxinas encontradas en la glándula de Duvernoy de Pseudoboa nigra y Xenodon guentheri

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Date
2022-03-30
Authors
Navarro González, Juan Sebastián
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Publisher
Universidad Industrial de Santander
Abstract
Mas de 10 décadas de estudios bioquímicos y farmacológicos han proporcionado gran información sobre los venenos de serpientes. Antiguamente, estos estudios caracterizaban los venenos mediante enfoques de primera generación como la química de proteínas, la farmacología comparativa y los métodos cladísticos. Sin embargo, en la actualidad la secuenciación transcriptómica (RNAseq) y la secuenciación genómica han permitido reportar un amplio espectro de familias presentes en los venenos de serpientes. Debido a que la mayoría de toxinas que se han reportado ha sido a partir de venenos de las familias Viperidae, Elapidae y Atractaspidae (familias de importancia medica); los venenos de colúbridos aún siguen presentando un vacío de conocimiento sobre su diversidad de toxinas. En esta pasantía se ensamblaron de novo los transcriptomas de la glándula de Duvernoy de Pseudoboa nigra y Xenodon guentheri (Dipsadidae: Xenodontinae) aplicando un enfoque hibrido, utilizando Trinity, rnaSPADES y Extender. Identificamos un total de 23 familias de toxinas siendo las SVMPs, CRISPs y CTLs las que predominaban en los venenos de estas dos especies. Además, identificamos dos familias de toxinas novedosas (MMPs y PLA2s-IIE) que ya habían sido reportadas anteriormente en algunas especies de colúbridos pero que carecen de una caracterización completa. Los niveles de expresión indican que existe una variación intra e interespecífica entre P. nigra y X. guentheri como se habia reportado previamente para vipéridos y elápidos. En conclusión, presentamos información inédita sobre la diversidad de toxinas en dos especies de colúbridos y la comparamos con datos funcionales disponibles en la literatura para inferir los posibles efectos causados por la mordedura de estas especies.
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Keywords
Colúbrido, Pseudoboa nigra, Xenodon guentheri, Veneno de serpiente, Glándula de Duvernoy, Transcriptoma, Secuenciación transcriptómica
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