Diversidad genética del virus dengue serotipo-1 de Colombia en el periodo 1998-2017

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dc.contributor.advisorOcazionez Jimenez, Raquel Elvira
dc.contributor.authorCarreño, Maria Fernanda
dc.date.accessioned2024-03-04T00:14:56Z
dc.date.available2018
dc.date.available2024-03-04T00:14:56Z
dc.date.created2018
dc.date.issued2018
dc.description.abstractEl dengue es una de las enfermedades virales más frecuentes en Colombia, las últimas epidemias ocurrieron en 2001-3, 2009-10 y 2013-4. Aunque los cuatro serotipos del virus han estado circulando por años, se desconoce la relación entre dinámica evolutiva de cada uno y el ciclo epidémico. El conocimiento es necesario para el entendimiento global de la trasmisión del dengue. En este trabajo se estudió la diversidad genética de una población del serotipo 1 (DENV-1) que circuló en el país durante 19 años (1998-2017). Se hicieron análisis filogenéticos, de polimorfismo y demográfico comparando 246 secuencias del gen E (168 virus de Colombia) con variados enfoques y herramientas de bioinformática. Los análisis revelaron un linaje del genotipo V, filogenéticamente cercano a virus de Venezuela, Brasil y Argentina, el cual diverge en cinco variantes genéticas (V1-V5). V1, incluye las cepas de la primera epidemia y otras de 1998-2004; V2 y V4 incluyen cepas de la segunda epidemia que circularon por 13-15 años (tMRCA alrededor de 1997 y 2002); y V5 cepas de tercera epidemia y las más recientes (2014-7) que han estado presentes 13 años (tMRCA alrededor de 2004). Cepas de años inter-epidémicos fueron de todas las variantes. No se observó estructura temporal indicando co-circulación de variantes genéticas del serotipo entre 1998-2017. La red de haplotipos reveló cuatro haplogrupos (p<0.01, AMOVA; Fst = 0.39548; p = 0.00) similares a las variantes. El análisis evolutivo indicó selección purificadora (dN/dS<1, in situ como los eventos más probables que dirigieron la diversidad genética viral. Se detectaron siete sustituciones de aminoácidos en la proteína de los virus de Colombia respecto al homólogo del virus CYD-TDV1 de la vacuna Dengvaxia, las cuales se localizan en epítopes para reconocimiento de linfocitos B. El análisis demográfico evidenció incremento constante y oscilante de la diversidad genética (Ne) coincidiendo con co-circulación de linajes, dos mayores incrementos precedieron las epidemias de 2010 y 2013. Los datos confirmar la alta diversidad genética de DENV-1 como factor que contribuye a su propagación. Los hallazgos aclaran parte de la dinámica de DENV de la región, conocimiento necesario para soportar el programa estatal para el control y prevención del dengue.
dc.description.abstractenglishDengue is one of the most frequent diseases in Colombia, the last epidemics occurred in 2001-3, 2009-10 and 2013-4. Although the four types of virus have been circulating for years, the relationship between the evolutionary dynamics of each and the epidemic cycle is unknown. Knowledge is necessary for the global knowledge of dengue transmission. In this work, the genetic diversity of a population of serotype 1 (DENV-1) that circulated in the country during 19 years (1998-2017) was studied. Phylogenetic, polymorphism and demographic analyzes were made comparing 246 sequences of the E gene (168 Colombian viruses) with variants and bioinformatics tools. The analyzes indicate a genotype V, a virus phylogenetically close to Venezuela, Brazil and Argentina, which diverges in five genetic variants (V1-V5). V1, includes the strains of the first epidemic and others from 1998-2004; V2 and V4 include strains of the second epidemic that circulate for 13-15 years (tMRCA around 1997 and 2002); and V5 strains of the third and the most recent epidemics (2014-7) that have been present for 13 years (tMRCA around 2004). Strains of inter-epidemic years were of all variants. It has not been temporally structured indicating co-circulation of the genetic variants of the serotype between 1998-2017. The haplotype network revealed four haplogroups (p <0.01, AMOVA, Fst = 0.39548, p = 0.00) similar to the variants. Evolutionary analysis received purified selection (dN / dS <1, Tajima's <1, D Fu's FS <1) and in situ diversification as the most likely events that led to viral genetic diversity. Seven protein substitutions of the Colombian viruses are detected next to the homolog of the CYD-TDV1 virus of the Dengvaxia vaccine, which are located in the epitopes for the recognition of B lymphocytes. The demographic analysis evidences the constant and oscillating increase of the genetic diversity (Ne) coinciding with the circulation of liquids, two major increases preceded the epidemics of 2010 and 2013. The data confirm the high genetic diversity of DENV-1 as a factor that contributes to its spread. The findings clarify the part of the DENV dynamics of the region, the knowledge necessary to support the state program for the control and prevention of dengue. _.
dc.description.degreelevelMaestría
dc.description.degreenameMagíster en Ciencias Básicas Biomédicas
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.instnameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.reponameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.repourlhttps://noesis.uis.edu.co
dc.identifier.urihttps://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/39449
dc.language.isospa
dc.publisherUniversidad Industrial de Santander
dc.publisher.facultyFacultad de Salud
dc.publisher.programMaestría en Ciencias Básicas Biomédicas
dc.publisher.schoolEscuela de Bacteriología y Laboratorio Clínico
dc.rightshttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
dc.rights.accessrightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.creativecommonsAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)
dc.rights.licenseAttribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0
dc.subjectDengue
dc.subjectDenv-1
dc.subjectLinajes
dc.subjectDiversidad Genética
dc.subjectSustituciones
dc.subjectEpitopes
dc.subject.keywordDengue
dc.subject.keywordDenv-1
dc.subject.keywordLineages
dc.subject.keywordGenetic Diversity
dc.subject.keywordSubstitutions
dc.subject.keywordEpitopes
dc.titleDiversidad genética del virus dengue serotipo-1 de Colombia en el periodo 1998-2017
dc.title.englishGenetic diversity of dengue virus serotype-1 of colombia in the period 1998-2017
dc.type.coarhttp://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
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dc.type.localTesis/Trabajo de grado - Monografía - Maestria
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