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Análisis in silico de la Reacción de Amplificación Isotérmica Mediada por Bucle de Transcripción Inversa (RT-LAMP) para la identificación del Virus del Dengue (Orthoflavivirus denguei) en Colombia

Resumen

El dengue constituye un reto creciente para la salud pública en Colombia, lo que refuerza la necesidad de herramientas diagnósticas moleculares rápidas, sensibles y operativamente viables. En este estudio se evaluó in silico la aplicabilidad de la técnica RT-LAMP para la identificación genómica de los cuatro serotipos del Virus del Dengue (DENV-1–DENV-4). Se recuperaron 1.159 secuencias genómicas completas desde GenBank correspondientes a 11 países de Suramérica y, tras un proceso de control de calidad y depuración taxonómica (exclusión de secuencias con nucleótidos ambiguos/gaps, longitudes no compatibles y discrepancias serotípicas), se consolidó un conjunto final de 794 secuencias para el análisis. Se realizaron alineamientos múltiples por serotipo y país, se estimó la variabilidad genética y se construyeron secuencias consenso (estrictas y mayoritarias), priorizando Colombia, Venezuela y Ecuador por su relevancia epidemiológica y circulación regional. A partir de ventanas de 1.500 pb en los consensos mayoritarios se diseñaron 112 sets de cebadores RT-LAMP mediante NEB® LAMP Primer Design Tool (DENV-1: 23; DENV-2: 32; DENV-3: 32; DENV-4: 25), seleccionando posteriormente un set representativo por serotipo en regiones altamente conservadas. La validación in silico mediante BLASTn evidenció alta concordancia con secuencias del serotipo objetivo y la evaluación frente a Chikunguña, Zika y Fiebre amarilla no mostró compatibilidad completa consistente con amplificación RT-LAMP funcional. Adicionalmente, el análisis fisicoquímico (Guanina-Citocina, Tm y ΔG) indicó parámetros compatibles con criterios reportados para LAMP. En conjunto, estos resultados respaldan el diseño in silico como una etapa robusta para el desarrollo de ensayos RT-LAMP serotipo-específicos para dengue, cuya implementación requiere validación experimental y clínica.