Análisis in silico de la Reacción de Amplificación Isotérmica Mediada por Bucle de  Transcripción Inversa (RT-LAMP) para la identificación del Virus del Dengue  (Orthoflavivirus denguei) en Colombia

Ortiz Salamanca  Natalia Andrea

Publicación:
Análisis in silico de la Reacción de Amplificación Isotérmica Mediada por Bucle de Transcripción Inversa (RT-LAMP) para la identificación del Virus del Dengue (Orthoflavivirus denguei) en Colombia

dc.contributor.advisor	Martinez Pérez, Francisco José
dc.contributor.advisor	Cadena Caballero, Cristian Enrique
dc.contributor.author	Ortiz Salamanca Natalia Andrea
dc.contributor.evaluator	Silva Trujillo, Lina Marcela
dc.date.accessioned	2026-05-26T17:08:18Z
dc.date.created	2025-02-01
dc.date.issued	2026-05-25
dc.description.abstract	El dengue constituye un reto creciente para la salud pública en Colombia, lo que refuerza la necesidad de herramientas diagnósticas moleculares rápidas, sensibles y operativamente viables. En este estudio se evaluó in silico la aplicabilidad de la técnica RT-LAMP para la identificación genómica de los cuatro serotipos del Virus del Dengue (DENV-1–DENV-4). Se recuperaron 1.159 secuencias genómicas completas desde GenBank correspondientes a 11 países de Suramérica y, tras un proceso de control de calidad y depuración taxonómica (exclusión de secuencias con nucleótidos ambiguos/gaps, longitudes no compatibles y discrepancias serotípicas), se consolidó un conjunto final de 794 secuencias para el análisis. Se realizaron alineamientos múltiples por serotipo y país, se estimó la variabilidad genética y se construyeron secuencias consenso (estrictas y mayoritarias), priorizando Colombia, Venezuela y Ecuador por su relevancia epidemiológica y circulación regional. A partir de ventanas de 1.500 pb en los consensos mayoritarios se diseñaron 112 sets de cebadores RT-LAMP mediante NEB® LAMP Primer Design Tool (DENV-1: 23; DENV-2: 32; DENV-3: 32; DENV-4: 25), seleccionando posteriormente un set representativo por serotipo en regiones altamente conservadas. La validación in silico mediante BLASTn evidenció alta concordancia con secuencias del serotipo objetivo y la evaluación frente a Chikunguña, Zika y Fiebre amarilla no mostró compatibilidad completa consistente con amplificación RT-LAMP funcional. Adicionalmente, el análisis fisicoquímico (Guanina-Citocina, Tm y ΔG) indicó parámetros compatibles con criterios reportados para LAMP. En conjunto, estos resultados respaldan el diseño in silico como una etapa robusta para el desarrollo de ensayos RT-LAMP serotipo-específicos para dengue, cuya implementación requiere validación experimental y clínica.
dc.description.abstractenglish	Dengue represents a growing challenge for public health in Colombia, which reinforces the need for rapid, sensitive, and operationally feasible molecular diagnostic tools. In this study, the in silico applicability of the RT-LAMP technique was evaluated for the genomic identification of the four dengue virus serotypes (DENV-1–DENV-4). A total of 1,159 complete genomic sequences were retrieved from GenBank, corresponding to 11 South American countries. After a quality control and taxonomic curation process (excluding sequences with ambiguous nucleotides/gaps, incompatible lengths, and serotype discrepancies), a final dataset of 794 sequences was consolidated for analysis. Multiple sequence alignments were performed by serotype and country, genetic variability was estimated, and consensus sequences (strict and majority) were constructed, prioritizing Colombia, Venezuela, and Ecuador due to their regional epidemiological relevance. From 1,500 bp windows within the majority consensus sequences, 112 RT-LAMP primer sets were designed using the NEB® LAMP Primer Design Tool (DENV-1: 23; DENV-2: 32; DENV-3: 32; DENV-4: 25). Subsequently, one representative primer set per serotype was selected in highly conserved regions. In silico validation using BLASTn showed high concordance with sequences from the target serotype, and evaluation against ZIKV, CHIKV, and YFV did not show complete compatibility consistent with functional RT-LAMP amplification. Additionally, physicochemical analysis (GC content, Tm, and ΔG) indicated parameters consistent with reported LAMP criteria. Altogether, these results support in silico design as a robust preliminary step for the development of serotype-specific RT-LAMP assays for dengue, whose implementation requires experimental and clinical validation.
dc.description.degreelevel	Pregrado
dc.description.degreename	Biólogo
dc.format.mimetype	application/pdf
dc.identifier.instname	Universidad Industrial de Santander
dc.identifier.reponame	Universidad Industrial de Santander
dc.identifier.repourl	https://noesis.uis.edu.co
dc.identifier.uri	https://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/47535
dc.language.iso	spa
dc.publisher	Universidad Industrial de Santander
dc.publisher.faculty	Facultad de Ciencias
dc.publisher.program	Biología
dc.publisher.school	Escuela de Biología
dc.rights.accessrights	info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.coar	http://purl.org/coar/access_right/c_abf2
dc.rights.creativecommons	Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)
dc.rights.license	Attribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
dc.subject	Virus del Dengue
dc.subject	RT-LAMP
dc.subject	Bioinformatica
dc.subject	Cebadores
dc.title	Análisis in silico de la Reacción de Amplificación Isotérmica Mediada por Bucle de Transcripción Inversa (RT-LAMP) para la identificación del Virus del Dengue (Orthoflavivirus denguei) en Colombia
dc.type.coar	http://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f
dc.type.hasversion	http://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
dc.type.local	Tesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregrado
dspace.entity.type	Publication