Los humedales artificiales como tecnología no convencional son una opción para el saneamiento de aguas residuales en pequeñas poblaciones (menos de 2000 habitantes), sin embargo, una de los fallas que presentan estos sistemas, es la colmatación del lecho granular, que consiste en la pérdida de volumen útil del humedal debido a la reducción del tamaño de los poros del medio granular, éste fenómeno reduce significativamente la vida útil del sistema. Para explorar alternativas de mejora de esta problemática, en este estudio se propuso desarrollar un modelo que permitiera identificar los elementos de mayor incidencia en este fenómeno asociados a los parámetros de diseño, con el fin de mejorar su eficiencia. Es así como esta investigación documenta la experiencia de abordar el problema de colmatación en humedales construidos de flujo subsuperficial horizontal, utilizando la metodología del modelado estructural con Dinámica de Sistemas para construir prototipos de complejidad y cobertura creciente, desde la etapa de interpretación del fenómeno hasta la construcción del prototipo funcional final. El documento inicia con el desarrollo del primer prototipo, el cual fue presentado y aceptado como ponencia en el XII Encuentro Colombiano de Dinámica de Sistemas (ECDS), seguido del prototipo final y la construcción del ambiente software (interfaz gráfica) que le permite al usuario operar con mayor facilidad el modelo. 1