Contribución al protocolo de secuenciación del genoma de SARS-CoV-2 utilizando la tecnología genómica UIS
Loading...
Date
2021
Authors
Evaluators
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Universidad Industrial de Santander
Abstract
Entre los mecanismos de control y prevención de la pandemia ocasionada
por la enfermedad infecciosa denominada COVID-19, causada por el Betacoronavirus SARS-
CoV-2, se encuentran el estudio del origen del virus, el diagnóstico y el tratamiento de la
enfermedad. Todos estos estudios se basan principalmente en el análisis del genoma viral, por lo
que a nivel mundial se incentivó el desarrollo de tecnologías capaces de secuenciar el genoma
completo de SARS-CoV-2, con el fin de mejorar los sistemas de diagnóstico y entender la
naturaleza del virus. Por este motivo, en este trabajo se analizaron las características nucleotídicas
de SARS-CoV-2, a partir de consensos mensuales generados de las secuencias del virus reportadas
en la plataforma GISAID entre enero y octubre del año 2020. En función de estas, se diseñaron
cebadores fundamentados en los criterios de la tecnología genómica UIS, que contribuyeron
eficazmente en las reacciones de síntesis de ADNc. Además, se propone un protocolo con las
concentraciones y condiciones de reacción para la síntesis de ADNc y un protocolo de
secuenciación para el genoma completo de SARS-CoV-2, ambos con la inclusión de las mezclas
COL-UIS y COL-UIS-dNTPs. Estas, junto con los cebadores diseñados, potenciaron la obtención
del ADNc del virus SARS-CoV-2 demostrando su capacidad de aplicación en genomas virales
ricos en AT. Finalmente, se concluye que la secuenciación del genoma completo del virus SARS-
CoV-2 es posible al aplicar los principios de la tecnología genómica UIS, por lo tanto, al incluirla
para el diseño de los cebadores, la síntesis de ADNc y en el protocolo de secuenciación propuesto,
se favorece el proceso de secuenciación de genomas ricos en AT con la tecnología Ion Torrent.
Description
Keywords
Secuenciación genómica, SARS-CoV-2, Genómica UIS, COVID-19, ADNc