Diseño de cebadores y amplificación por PCR de los genes mitocondriales COI y Cyt b en Potamotrygon magdalenae (Duméril, 1865) a partir del modelo de pérdida de ADN
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Date
2019
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Publisher
Universidad Industrial de Santander
Abstract
Los miembros de la familia Potamotrygonidae son los únicos dentro del grupo de los Elasmobranquios que se encuentran restringidos a ambientes dulceacuícolas y su distribución es exclusiva de Sudamérica. Comprenden 34 especies y para Colombia han sido reportadas 11 dentro de las que se destaca Potamotrygon magdalenae como el único representante de estos peces dulceacuícolas endémico para el país. De esta especie se cuenta con estudios que componen diversas áreas de su biología. No obstante, existe un vacío de información en áreas relacionadas con su genética molecular. Con el objetivo de proporcionar herramientas que permitan ampliar el conocimiento en diversas áreas tales como sistemática y genética poblacional, entre otras, se diseñaron cebadores para los genes mitocondriales COI y Cyt b siguiendo lo propuesto por el modelo de pérdida de ADN. Para esto se realizaron alineamientos siguiendo los parámetros: Gap open penalty (5), Gap extension penalti (0.2) y Terminal gap penalties (0.1), con los cuales se identificaron regiones conservadas en la superfamília Dayastoidea a objeto de determinar regiones que potencialmente sirvan como cebadores. Se diseñaron nueve secuencias de las cuales fwRyWFECOI531-75, R3RyWFECOI1432-56, f1RyWFECytb182-205 y RwRyWFECytb932-54 sirvieron en la obtención de amplicones de los genes COI y Cyt b de P. magdalenae, respectivamente, con los que se generaron secuencias >99% de similitud cuando fueron comparadas con las disponibles en las bases de datos para los genes indicados. Estos cebadores pueden proporcionar una herramienta útil al momento de profundizar en áreas que impliquen el análisis genético molecular de esta especie de raya de agua dulce endémica de Colombia.
Description
Keywords
Especie endémica, Pérdida de ADN, Potamotrygon magdalenae