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Identificación del Cambio de Marco Ribosómico Programado en la pérdida de regiones en el genoma de variantes genéticas de SARS-CoV-2 del departamento de Santander, Colombia

Abstract

Durante la pandemia de COVID-19, generada por el Betacoronavirus SARS-CoV-2, para mejorar el diagnóstico por RT-PCR y la secuenciación de los genomas virales de pacientes, se realizó la inclusión de un reactivo diseñado en función del genoma de SARS-CoV-2, que contiene una solución coadyuvante para desenredar el ARN y permitir la amplificación de la región seleccionada de SARS-CoV-2. Los resultados mostraron una mejora en el sistema de diagnóstico y en la secuenciación genómica. Su aplicación permitió la caracterización de 14 genomas de pacientes diagnosticados con COVID-19 en Santander. Asimismo, de otros genomas con pérdida de codones que presentaron cambios en los Marcos Abiertos de Lectura (ORF), exhibiendo, en algunos codones de paro similitud con el modelo de Cambio de Marco Ribosómico Programado (PRF). Debido a la posibilidad de que los codones de paro pudieran haberse generado durante el ensamble computacional y no tuvieran relevancia biológica, se realizó una validación in silico de estos genomas, identificando una posible explicación a la existencia de genomas con estas características, haciendo una identificación del modelo PRF en algunas de las regiones con pérdidas, así como el desarrollo de una base de datos con secuencias de algunas variantes reportadas en la base de datos de GISAID para identificar patrones de similitud entre las secuencias y los genomas aquí obtenidos. La comparación de los genomas secuenciados con respecto a los genomas obtenidos de las variantes reportadas en GISAID evidenció un patrón de pérdida de nucleótidos, regulado por el modelo de PRF.