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Identificación de SARS-CoV-2 en muestras de saliva por medio de RT-qPCR con la Solución Desnaturalizante

Resumen

La pandemia producida por el virus SARS-CoV-2 incentivó el desarrollo de métodos precisos para su identificación y diagnóstico. Dentro de estos se encuentran los diseñados con base en la Reacción en Cadena de la Polimerasa con Transcripción Inversa en Tiempo Real de un Paso (RT-qPCR). Uno de ellos es el propuesto por el Centros para el Control y Prevención de Enfermedades de los Estados Unidos de América (CDC) que emplea dos regiones del gen de la nucleocápside N viral. Sin embargo, la aparición de nuevas variantes y las estructuras secundarias de ARN pueden afectar la RT-qPCR generando resultados falsos negativos. Para ello, en muestras de hisopado nasofaríngeo se adiciona a la reacción una solución de Cloruro de Tetraetilamonio (TEA) o Dimetilsulfóxido; pero no se han demostrado sus efectos en muestras de saliva. En esta pasantía, se demostró que el uso de esta solución en el ARN purificado por magnetismo y con los cebadores y sondas para las dos regiones del gen N del kit de RT-qPCR del CDC se genera una ligera disminución o aumento de la señal de cuantificación en muestras individuales. Sin embargo, en muestras agrupadas y con ambos cebadores y sondas, con la misma reacción se mejora significativamente la señal. La validación in silico del patrón de hibridación con variantes de SARS-CoV-2 indica que el resultado estará en función de la variante de sARS-CoV-2. Con lo anterior se ratifica que el uso de ambos reactivos químicos en las reacciones de RT-qPCR de kits de identificación internacionales para SARS-CoV-2 son una opción de mejora para el diagnóstico en pacientes.