Docking molecular directo entre proteína y ligando flexible utilizando técnicas de inteligencia artificial
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Date
2011
Authors
Evaluators
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Publisher
Universidad Industrial de Santander
Abstract
El diseño de fármacos es un proceso ineficiente y costoso, que necesita ser mejorado para poder brindar a la humanidad medicinas seguras, efectivas y asequibles. Las herramientas computacionales han permitido mejorar este proceso mediante la simulación de las posibles interacciones existentes entre las proteínas y los posibles medicamentos. Sin embargo, dichas herramientas no suministran resultados fiables para todos los tipos de complejos proteína-ligando. Una de estas herramientas computacionales es el docking molecular, que consiste en predecir el complejo más estable en términos de energía entre un receptor o proteína y un ligando o compuesto con las propiedades químicas necesarias para poder considerarse como posible fármaco. En los últimos años, el proceso de docking molecular se ha venido trabajando con algoritmos genéticos, búsqueda tabú, recocido simulado, entre otras técnicas y los resultados obtenidos han sido satisfactorios. En el presente trabajo de investigación se desarrolló un proceso computacional de docking molecular utilizando una variante de un algoritmo genético de estado estable, en donde la función de evaluación de energía es aquella suministrada por el campo de fuerza AMBER. En la primera parte del documento se ilustra brevemente el proceso bioquímico de la unión de una proteína con un ligando, la selección de la técnica de inteligencia artificial utilizada y la selección de la función de energía. Posteriormente, se describen los pasos realizados para el desarrollo del proceso de docking molecular y finalmente, se presentan las simulaciones realizadas y los resultados obtenidos.
Description
Keywords
Docking molecular, Complejo proteína-ligando, RMSD, Algoritmo Genético