Contribución al protocolo de secuenciación del genoma de sars-cov-2 utilizando la tecnología genómica UIS
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Date
2021
Authors
Evaluators
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Publisher
Universidad Industrial de Santander
Abstract
Entre los mecanismos de control y prevención de la pandemia ocasionada por la enfermedad infecciosa denominada COVID19, causada por el Betacoronavirus SARSCoV2, se encuentran el estudio del origen del virus, el diagnóstico y el tratamiento de la enfermedad. Todos estos estudios se basan principalmente en el análisis del genoma viral, por lo que a nivel mundial se incentivó el desarrollo de tecnologías capaces de secuenciar el genoma completo de SARSCoV2, con el fin de mejorar los sistemas de diagnóstico y entender la naturaleza del virus. Por este motivo, en este trabajo se analizaron las características nucleotídicas de SARSCoV2, a partir de consensos mensuales generados de las secuencias del virus reportadas en la plataforma GISAID entre enero y octubre del año 2020. En función de estas, se diseñaron cebadores fundamentados en los criterios de la tecnología genómica UIS, que contribuyeron eficazmente en las reacciones de síntesis de ADNc. Además, se propone un protocolo con las concentraciones y condiciones de reacción para la síntesis de ADNc y un protocolo de secuenciación para el genoma completo de SARSCoV2, ambos con la inclusión de las mezclas COLUIS y COLUISdNTPs. Estas, junto con los cebadores diseñados, potenciaron la obtención del ADNc del virus SARSCoV2 demostrando su capacidad de aplicación en genomas virales ricos en AT. Finalmente, se concluye que la secuenciación del genoma completo del virus SARSCoV2 es posible al aplicar los principios de la tecnología genómica UIS, por lo tanto, al incluirla para el diseño de los cebadores, la síntesis de ADNc y en el protocolo de secuenciación propuesto, se favorece el proceso de secuenciación de genomas ricos en AT con la tecnología Ion Torrent.
Description
Keywords
Secuenciación genómica, SARSCoV2, Genómica UIS, COVID19, ADNc.