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Item Diseño de un sistema CRISPR/LbCas12a y su evaluación en detección por corte de los genes 18s, H2A y Cytb de Trypanosoma cruzi en Rhodnius pallescens silvestres (Hemiptera: Reduviidae: Triatominae).(Universidad Industrial de Santander, 2024-04-23) Ortiz Rodriguez, Luis Alejandro; Duque Luna, Jonny Edward; Hernandez Torres, Jorge; Fuentes Lorenzo, Jorge LuisLa enfermedad de Chagas causada por el parásito Trypanosoma cruzi es una dolencia de importancia en la salud pública. En la actualidad, los sistemas de diagnóstico del agente etiológico son diversos, abarcando desde enfoques sencillos, como la observación de frotis sanguíneo, pruebas serológicas, hasta pruebas moleculares, como la qPCR y PCR. En la búsqueda de alternativas de diagnosis que combinen eficiencia, bajo coste y precisión, se ofrece la aplicación de la tecnología CRISPR en la detección de secuencias específicas como análisis diagnóstico. El objetivo del presente trabajo consistió en diseñar un sistema de detección de ADN por corte específico utilizando la tecnología CRISPR/LbCas12a dirigido los genes Citocromo B, Subunidad ribosomal 18s y el gen de histona H2A de Trypanosoma cruzi en muestras de intestino de Rhodnius pallescens. Para ello, se implementó el sistema de corte colateral dirigido por guías de ARN diseñadas, usando amplificación por PCR y en ADN directo. La visualización del corte del amplificado, se realizó en gel de agarosa. Adicionalmente, empleando un reportero fluorescente, se evaluó el corte por espectrofotometría y confirmación visual bajo luz ultravioleta. Los resultados revelaron una eficiente capacidad de clivaje con la guía del gen Cytb, permitiendo una determinación efectiva y sensible incluso en concentraciones bajas como por ejemplo 1 ng/uL del amplificado. En contraste, en las pruebas en ADN sin preamplificación no hay evidencia del corte. El sistema CRISPR/LbCas12a con amplificación por PCR demuestró ser efectivo para la detección de Trypanosoma cruzi en el vector Rhodnius pallecens. Para que el sistema sea asequible a cualquier necesidad de laboratorio se sugiere la implementación de técnicas de amplificación isotérmica que permita reducir el tiempo de detección y la necesidad de equipamiento técnico.Item Impacto de la recuperación de las coberturas vegetales sobre la anfibiofauna en el sector norte de la Serranía de los Yariguíes(Universidad Industrial de Santander, 2024-04-22) Remolina Ayala, Juan Camilo; Reu, Bjorn; Ramirez Pinilla, Martha Patricia; Pinzo Pinzon, Jose Luis; Serrano Cardozo, Victor HugoEn el sector norte de la serranía de los Yariguíes en Santander, factores como la violencia, el cambio en la propiedad, los cambios de los mercados y las políticas llevaron de un paisaje dominado por grandes extensiones de pastos en los 60 y 70s a tener una predominancia de sistemas agroforestales con importantes áreas exclusivas dedicadas a la conservación. A simple vista este cambio puede ser interpretado como una transición hacia la sostenibilidad, una transición positiva. Sin embargo, es válido preguntar qué tan rápido se recupera la diversidad de anfibios en sitios como éste, o, dicho de otra forma, ¿Cuál es el impacto de las transiciones positivas en la diversidad de anfibios en el sector norte de la serranía de los Yariguies? Para responder esta pregunta, se analizaron fotografías aéreas entre 1984 y 2022, y se establecieron 4 coberturas; 2 coberturas que se mantuvieron en el tiempo (bosques conservados y pastizales) y 2 que son resultado de la transición positiva (de pastizales a agroforestales y a bosque secundario). Se definieron tres sitios donde se establecieron parcelas temporales, se realizaron muestreos diurnos y nocturnos de anfibios utilizando metodología Acoustic Encounter Survey (AES) y Visual Encounter Survey (VES). Se registraron 738 individuos, pertenecientes a 12 familias, 16 géneros y 24 especies. La familia y género con mayor abundancia fue Strabomantidae y Pristimantis, respectivamente. Los bosques conservados presentan la mayor diversidad de especies, seguidos por los agroforestales y los bosques secundarios, y, por último, los pastos. Se evidenció que las transiciones positivas tuvieron un efecto positivo sobre las comunidades de anfibios. Los agroforestales y bosques secundarios <40 años tienden a albergar especies presentes en los bosques conservados, ya que conectan el paisaje, permitiendo el desplazamiento y anidamiento de las especies. Concluimos que las transiciones positivas aumentan la riqueza y la abundancia de las especies. Los agroforestales pueden tener un valor similar de conservación que los bosques secundarios y constituyen el equilibrio entre las personas y la biodiversidad.Item Prodigiosin production and photoprotective/antigenotoxic properties in serratia marcescens indigenous strains from eastern cordillera of Colombia(Universidad Industrial de Santander, 2021) Cediel Becerra, José Dubán Daniel; Fuentes Lorenzo, Jorge Luis; Suescún Sepúlveda, Jhon AlexanderSerratia marcescens es una especie bacteriana productora de un pigmento antibacteriano (Prodigiosina) el cual posee una amplia respuesta adaptativa al estrés ambiental. El estudio tuvo como objetivo investigar la producción de Prodigiosina en las cepas de tipo salvaje de S. marcescens, así como su relación con la fotoprotección y la antigenotoxicidad contra la radiación UVB. La producción de Prodigiosina se analizó espectrofotométricamente en los extractos de las cepas bacterianas cultivadas en diferentes medios de cultivo. La eficacia de la fotoprotección in vitro se evaluó mediante los índices in vitro del factor de protección solar (FPSin vitro) y la longitud de onda crítica ón de la antigenotoxicidad frente a los rayos UVB (%IG) en el SOS Chromotest. Se utilizó un análisis de correlación para evaluar la relación entre el rendimiento de Prodigiosina, el FPSin vitro, las estimaciones de %IG y los rasgos ambientales (altitud, temperatura, precipitación e irradiación solar). El rendimiento de Prodigiosina en las cepas de S. marcescens varió en función del medio de cultivo utilizado para su crecimiento, y se correlacionó con variables ambientales como la temperatura y la irradiación solar. Las estimaciones de FPSin vitro estuvieron bien correlacionadas con la concentración de Prodigiosina y los valores de %IG en las cepas bacterianas estudiadas. La eficacia fotoprotectora UVB de los extractos obtenidos de las cepas de S. marcescens depende del rendimiento de Prodigiosina de la cepa y de su potencial antigenotóxico. Los extractos con un rendimiento 1 podrían utilizarse como fuentes de ingredientes para protectores solaresItem Contribución al conocimiento de la composición florística de los bosques andinos del departamento de Santander(Universidad Industrial de Santander, 2021) Monsalve Tapias, Sara Marcela; Castaño González, Andrés FelipeSe realizó una descripción de la composición florística utilizando el material proveniente de bosques subandinos y andinos presentes en el Herbario UIS, de los municipios El Carmen de Chucurí (CC) y Santa Bárbara (SB), con el objetivo de contribuir al conocimiento de la flora del departamento de Santander y publicar los registros en el Sistema de Información sobre la Biodiversidad de Colombia (SIB). Se revisaron 871 especímenes de plantas vasculares agrupadas en 120 familias, 342 géneros y 688 morfoespecies. Las angiospermas fueron las más representativas con el 92% de los especímenes; mientras los helechos y afines representan el 8%. Las familias más diversas fueron Melastomataceae (50 especies), Rubiaceae (42 especies), Piperaceae (37 especies) y Fabaceae (34 especies). Los géneros más ricos fueron Piper (28 especies), Miconia (25 especies) y Asplenium (11 especies). Los hábitos más comunes fueron el arbustivo (28%) y arborescente (27.8%). Se reportan 145 nuevos registros para el departamento, de los cuales 18 son endémicos de Colombia. Ceroxylon sasaimae se encuentra en peligro crítico y se registran 4 especies más con categoría de amenaza importante: Salvia rufula, Romeroa verticillata, Gustavia romeroi y Wettinia microcarpa. Se encontró que las localidades poseen elementos típicos de bosques andinos y subandinos. No obstante, es de esperarse una mayor diversidad, poniendo en evidencia la importancia de continuar con los estudios de la flora regional, principalmente de los bosques subandinos y andinos, los cuales se encuentran bajo constantes presiones antropogénicasItem Caracterización de la comunidad fitoplanctónica del Parque Nacional Natural Corales del Rosario y de San Bernardo en los periodos de precipitaciones de 2016 al 2019(Universidad Industrial de Santander, 2021) Maldonado Duran, Jainy Rocío; Críales Hernández, María Isabel; Jerez Guerrero, MauricioEl fitoplancton es el componente primario de los ambientes acuáticos marinos, siendo los mayores contribuyentes en la incorporación y captura de carbono atmosférico. En los arrecifes de coral tienen un papel fundamental ya que proveen de alimento a los corales y crean interacciones tróficas importantes en este ecosistema. A nivel mundial los arrecifes de coral sufren diferentes amenazas y el Parque Nacional Natural Los Corales del Rosario y de San Bernardo no es ajena a ellas, esta zona protegida se ve afectada durante la época de precipitaciones principalmente por descargas continentales. Por lo que este estudio intenta contribuir con nueva información de la comunidad fitoplanctónica registrada en el Área Protegida durante el período de precipitaciones. Se analizaron 16 muestras recolectadas en el periodo de precipitación entre el 2016 y 2019 en cuatro puntos dentro del área del parque correspondientes a diferentes ecosistemas, mediante arrastres horizontales con una red de 63 micras. Se encontraron 228 morfoespecies de fitoplancton, en donde todos los años las diatomeas (e.g. Skeletonema costatum, Chaetoceros affinis, Bacteriastrum furcatum) fueron los organismos más abundantes, lo cual es lo esperado para estos sistemas marinos del Caribe, a excepción del 2018 que presentó una condición diferente, donde los dinoflagelados con potencial nocivo (e.g. Pyrodinium bahamense, Alexandrium cf. monilatum) fueron los que dominaron la comunidad. Se encontró un cambio en la diversidad de la comunidad de fitoplancton, particularmente en el año 2018, donde se observó el crecimiento de los dinoflagelados mencionados y la diatomea Pseudonitzschia sp., consideradas especies tóxicas, probablemente debido a la disminución de la transparencia de la columna de agua que favoreció estas floraciones.Item Evaluación del papel del tipo de hábitat, el tráfico urbano y el tamaño de grupo en la variación del tamaño de rango de hogar de los grupos sociales pertenecientes a una población semiurbana de campylorhynchus griseus(Universidad Industrial de Santander, 2021) Perea Espina, Fabián Leonardo; Avendaño Carreño, Jorge Enrique; Moreno Patiño, José GregorioDeterminar la variación en el uso del espacio y los factores que la promueven es un primer paso para entender la estructura de las poblaciones y comunidades. Evaluar los patrones de movimiento y tamaños de rango de hogar en especies asociadas a ambientes naturales, pero que subsisten en ambientes urbanos, puede informarnos sobre la capacidad de las especies de adaptarse ante ambientes cambiantes. En este trabajo evaluamos el efecto del tipo de hábitat, y varios aspectos del tráfico urbano y sociales en la variación del tamaño de los rangos de hogar en una población semiurbana de Campylorhynchus griseus, un ave con cría cooperativa que defiende territorios en grupos sociales de tamaño variado. Encontramos que los rangos de hogar de 15 grupos sociales oscilaron entre 0.1 ha y 0.7 ha (EDK); siendo notoriamente más pequeños que los reportados en poblaciones asociadas a hábitats naturales. Los tamaños de rango de hogar incrementaron a mayor densidad de árboles (sin incluir palmas) y a mayor distancia promedio a vecinos. Los grupos con mayor número de individuos tendieron a tener mayores rangos de hogar; aunque el efecto de esta variable en nuestros modelos no fue relevante. Los resultados concuerdan con lo esperado para especies generalistas adaptadoras a ambientes urbanos, donde, debido a la alta oferta de recursos, los espacios en uso suelen ser más pequeños que en sus contrapartes silvestres.Item Estado del conocimiento y vacíos de conservación de las especies focales, en la fauna de andes nororientales(Universidad Industrial de Santander, 2021) Marín Quintero, Eliana Lizeth; Rodríguez Rocha, ManuelLa diversidad faunística encontrada en los Andes colombianos, es el resultado de complejos procesos biogeográficos y la interacción de ecosistemas diversos que promueven la especiación y la disponibilidad de hábitat. A pesar de encontrarse posicionada como punto caliente de diversidad, diferentes autores han realizado sugerencias con el fin de avanzar en el conocimiento de información y los vacíos de conservación para la fauna en los Andes Nororientales. En este trabajo se realizó un análisis bibliométrico de la información faunística disponible, se utilizó la documentación por departamentos, áreas protegidas, categorías y nivel taxonómico en el programa Rstudio. Se estableció las especies focales por medio de tres criterios operacionales y un filtro de georreferenciación. Se identificó la distribución potencial de las especies focales y los vacíos de conservación de estas, Por medio de presencias y pseudoausencias, variables ambientales (wordclim) y método de modelado MaxEnt, todo esto utilizado en el programa RStudio. De manera general, se obtuvo una base de datos con la revisión de 286 estudios, publicada entre los años 19422018, compuesta por 103 artículos, 69 tesis, 18 notas científicas y boletines, 79 documentos de autoridades ambientales, 5 libros y 12 documentos entre reportes, informes y guías. Se encontró diferencias significativas entre los periodos explorados. De los 3 departamentos, Santander fue representativo en el número de estudios. Además, se identificaron 15 especies como focales mediante criterios de priorización que corresponden a: A. castaneiventris, A. griseimembra, C. hypoleucus, C. apolinari, C. alixii, C. bonapartei, C. alberti, G. melanops, H. amazonina, M. subalaris, O. strophium, P. calliptera, R. semiplumbeus, T. nicefori y V. gryphus. Para las especies anteriormente mencionadas, se obtuvo una distribución potencial en función de su nicho climático de alta y buena precisión. Finalmente, se consideró que se encuentran vacíos de conservación para las especies que poseen más de un 70% de área idónea por fuera de área protegida y no poseen acciones de conservación identificadasItem Análisis de la sensibilidad de la reconstrucción de estados ancestrales variando métodos de reconstrucción, modelos de transformación y codificación de caracteres(Universidad Industrial de Santander, 2021) Pachón Prada, Daniela; Ramírez Chaves, Héctor Emilio; Miranda Esquivel, Daniel RafaelLa reconstrucción de estados ancestrales depende de parámetros que pueden tomar diversos valores, y dependiendo de estos valores se pueden obtener diferentes resultados. Por consiguiente, se evaluó la sensibilidad de la reconstrucción ancestral de la dieta de los murciélagos de la familia Phyllostomidae, usando dos métodos: parsimonia y Máxima verosimilitud; tres modelos de transformación: uno simétrico, y dos asimétricos; y cinco codificaciones de estado: dos multiestado y tres binarias. Encontramos que Máxima verosimilitud es más estable que parsimonia bajo todas las transformaciones. Máxima verosimilitud y parsimonia presentan el mayor número de nodos comunes cuando la matriz de transformación es simétrica, contrario a cuando la transformación es asimétrica. Aun así, el método fue el parámetro que alteró en menor medida las reconstrucciones, ya que al comparar nuestros resultados con otras propuestas de dieta ancestral en Phyllostomidae, no presentaron diferencias evidentes. En contraste, las codificaciones comparadas entre sí, demostraron resultados distintos. Considerando lo anterior, concluimos que la reconstrucción de estados ancestrales es sensible al cambio en los valores de los tres parámetros evaluados. Por lo tanto, es fundamental realizar análisis de sensibilidad de los parámetros a usar, y conocer el comportamiento de los resultados bajo distintos escenarios para evitar posibles sesgos metodológicos.Item Plantas con semilla (espermatofitas) de la serranía de los Yariguíes, Santander, Colombia(Universidad Industrial de Santander, 2021) Cáceres Penagos, Pedro Javier; Castaño González, Andrés FelipeColombia afronta hoy retos que comprometen la correcta gestión de su biodiversidad, siendo la información de las colecciones biológicas muy importante para el estudio y la toma de decisiones sobre la misma. Basado en el estudio y determinación taxonómica de especímenes botánicos depositados en el herbario UIS, se da a conocer un primer acercamiento hacia la composición de espermatófitas que se presentan en la Serranía de los Yariguíes. Se revisaron, determinaron taxonómicamente y georreferenciaron 1712 ejemplares, encontrando un total de 145 familias, 520 géneros y 1031 morfoespecies. Teniendo en cuenta el número de especies y géneros sobresalen las siguientes familias: Melastomataceae (20 géneros / 89 especies), Rubiaceae (38 / 86), Asteraceae (38 / 75), Fabaceae (40 / 70), Solanaceae (10 / 32), Acanthaceae (17 / 30), Piperaceae (3 / 29) y Ericaceae (13 / 26). Los géneros con mayor cantidad de especies son: Miconia (46 especies), Solanum (21), Piper (18), Palicourea (14), Psychotria (12), Clusia, Passiflora y Tillandsia (11), Mikania, Peperomia y Schefflera (10). Las hierbas, árboles y arbustos son los hábitos de vida predominantes. Se pone en evidencia la alta diversidad florística del área de estudio, así como la importancia de su conservación.Item Análisis bioinformático de los cebadores para los genes de hemaglutinina, proteína nuclear, proteínas de matriz del virus de la influenza a h1n1 empleados en el diagnostico a pacientes por rt pcr en tiempo real, de 2019 a agosto de 2020(Universidad Industrial de Santander, 2021) Forero Buitrago, Lizeth Johana; Martínez Pérez, Francisco José; Barrios Hernández, Carlos JaimeEl virus de la Influenza A H1N1 es un virus zoonótico de genoma monocatenario de ARN en sentido negativo que infecta humanos, cerdos, aves y otros animales. Los diagnósticos epidemiológicos indican que el virus continúa mutando, lo cual, origina nuevas epidemias y pandemias. Las pruebas de RTPCR con los genes HA, NP y M1M2 autorizados por la OMS, son la forma más rápida para detectar personas infectadas, pero con la alta tasa mutacional del virus se ha evidenciado que los cebadores y las sondas comerciales no amplifican y generan falsos negativos, aunque las vacunas para la Influenza son actualizadas año a año, las pruebas para diagnóstico no lo son. Los análisis bioinformáticos realizados por el grupo CAGE desde 19912019, han demostrado que existen nuevos patrones mutacionales que generan diagnósticos incorrectos o que reconocen otros virus de Influenza. Para descartar falsos negativos, se crearon nuevos cebadores, sondas y oligonucleótidos de los genes HA, NP y M1M2 del virus de la Influenza A H1N1 y se evaluó su eficiencia in silico para implementarlos en los diagnósticos de RTPCR. Se obtuvieron 7362 secuencias de IRD y se validaron con el software Sequence Manager y un código de selección en la supercomputadora GUANE1, obteniendo 5872 secuencias para el año 2019 y 1490 para el año 2020. Se construyó una base de datos que permitió validar la eficiencia de los cebadores y sondas, al conocer los nucleótidos mayoritarios AT y los degenerados RY en las secuencias consenso. Se corroboraron los alineamientos en BLAST con los cebadores y sondas de los nucleótidos mayoritarios, los cuales reconocieron sus respectivas secuencias para los años 20192020. Se observó con algoritmosZuker las secuencias diseñadas fueron eficientes en RTPCR con el sustrato sintético. En conclusión, el sistema de diagnóstico puede ser eficiente para su aplicación en pacientes.Item Contribución al protocolo de secuenciación del genoma de sars-cov-2 utilizando la tecnología genómica UIS(Universidad Industrial de Santander, 2021) Torres Jiménez, Carolina Sofia; Martínez Pérez, Francisco José; Vera Cala, Lina MaríaEntre los mecanismos de control y prevención de la pandemia ocasionada por la enfermedad infecciosa denominada COVID19, causada por el Betacoronavirus SARSCoV2, se encuentran el estudio del origen del virus, el diagnóstico y el tratamiento de la enfermedad. Todos estos estudios se basan principalmente en el análisis del genoma viral, por lo que a nivel mundial se incentivó el desarrollo de tecnologías capaces de secuenciar el genoma completo de SARSCoV2, con el fin de mejorar los sistemas de diagnóstico y entender la naturaleza del virus. Por este motivo, en este trabajo se analizaron las características nucleotídicas de SARSCoV2, a partir de consensos mensuales generados de las secuencias del virus reportadas en la plataforma GISAID entre enero y octubre del año 2020. En función de estas, se diseñaron cebadores fundamentados en los criterios de la tecnología genómica UIS, que contribuyeron eficazmente en las reacciones de síntesis de ADNc. Además, se propone un protocolo con las concentraciones y condiciones de reacción para la síntesis de ADNc y un protocolo de secuenciación para el genoma completo de SARSCoV2, ambos con la inclusión de las mezclas COLUIS y COLUISdNTPs. Estas, junto con los cebadores diseñados, potenciaron la obtención del ADNc del virus SARSCoV2 demostrando su capacidad de aplicación en genomas virales ricos en AT. Finalmente, se concluye que la secuenciación del genoma completo del virus SARSCoV2 es posible al aplicar los principios de la tecnología genómica UIS, por lo tanto, al incluirla para el diseño de los cebadores, la síntesis de ADNc y en el protocolo de secuenciación propuesto, se favorece el proceso de secuenciación de genomas ricos en AT con la tecnología Ion Torrent.Item Rasgos morfo-fisiológicos y de crecimiento en plantas de hortalizas (solanaceae) cultivadas a pleno sol y bajo paneles fotovoltaicos, en un techo verde de Bucaramanga, Santander(Universidad Industrial de Santander, 2021) Atuesta Hernández, David Leonardo; Rodríguez López, Nelson Facundo; González Méler, MiquelEste trabajo se realizó en el marco de un proyecto ejecutado en la Universidad Industrial de Santander, cuyo objetivo fue implementar una alternativa sostenible que supla la demanda energética, la demanda alimenticia y la mitigación de la emisión de gases de efecto invernaderoGEI, con la instalación de Paneles FotovoltaicosPFV, en asocio con plantas hortícolas. Se evaluó la capacidad de aclimatación de las plantas de tomate cherry (Solanum lycopersicum var. Cerasiforme), berenjena larga (Solanum melongena var. Larga) y pimentón dulce (Capsicum annuum var. Wonder), expuestas a plena exposición solar y bajo el sombrío provocado por los PFV (PFVs). Los resultados obtenidos evidenciaron que la mayoría de los rasgos morfológicos y de crecimiento fueron significativamente mayores en las plantas de pimentón cultivadas bajo el PFVs. En contraste, la magnitud de las diferencias para los rasgos morfológicos y de crecimiento fueron significativamente mayores en las plantas de berenjena y de tomate cherry, cultivadas a plena exposición solar, especialmente, en la acumulación de biomasa seca total (BST) y en la producción de frutos. En los rasgos fisiológicos evaluados, el w) no mostró diferencias entre tratamientos y en la eficiencia fotoquímica,(Fv/Fm), aunque hubo diferencias significativas entre las plantas expuestas a pleno sol, evaluadas antes y después del mediodía, no mostraron señales de daño fotoquímico. Las plantas se aclimataron a las condiciones bajo el PFVs con reducción significativa en la acumulación de BST, menor número y masa fresca de frutos, con alteraciones en las etapas fenológicas, y aunque no registraron condiciones de estrés, quizás eso les impidió alcanzar un mayor desempeño fisiológico y productivo. Por lo tanto, los espacios debajo de los PFV pueden ser aprovechados para el cultivo y la producción de las hortalizas utilizadas en este estudio, con prácticas de manejo adecuadas, en los sistemas de techos verdes en Bucaramanga, Santander.Item Identificación de los polimorfismos de inserción de elementos transponibles (tips) del retrovirus endógeno humano k (herv k) y su relación con leucemia mieloide aguda (lma), por medio de análisis in sillico(Universidad Industrial de Santander, 2021) Camargo Forero, Nicolás; Orozco Arias, Simón; Guyot, RomainLos retrovirus endógenos humanos (HERV) son retrotransposones LTR que se insertaron en el genoma humano mediante la infección viral exógena. A través de mutaciones, replicación y herencia mendeliana, dichos retrovirus componen actualmente el 8% del genoma humano. La familia HERVK puede tener hasta cuatro marcos abiertos de lectura (ORF) que codifican las proteínas Gag, Pro, Pol, Env/Rec/Np9, las cuales se han visto implicadas en la carcinogénesis de diferentes tipos de cáncer tales como: cáncer de ovario, próstata, mama y leucemia. Dentro de los tipos de leucemia cabe resaltar la Leucemia Mieloide Aguda (LMA), la cual es un problema a nivel mundial debido a que representa el 1% de las muertes por cáncer en Estados Unidos y tiene una tasa de supervivencia del 29,5%. Por esta razón, se presenta una metodología para identificar la asociación estadística entre polimorfismos de inserción de elementos transponibles (TIPs) de HERVK y leucemia mieloide aguda usando lecturas de secuenciación de genomas completos de pacientes y el software TIP_finder. Se encontraron 101 TIPs de HERVK asociados a la LMA en un porcentaje entre el 44,4 al 56,6%, los cuales en su mayoría (70) se encontraban ubicados en la región 8q24.13 y 8q24.21. Además, en promedio cada paciente de LMA presentaba 80 TIPs de HERVK asociados mientras que en los controles no había presencia de estos. Por otro lado, se encontró que los genes TRIB1, LRATD2, POU5F1B, MYC, PCAT1, PVT1 y CCDC26 podrían verse afectados por estas inserciones al causar desplazamiento o fragmentación de sus regiones de interés. Además, se propone una metodología para analizar la asociación entre una familia de elementos transponibles y una enfermedad específica. Finalmente, a través del análisis estadístico de X2 ( =0.05) se identificó que los TIPs de HERVK reportados en este estudio están asociados estadísticamente con la leucemia mieloide aguda.Item Implementación de un método para evaluar la hipótesis de conservadurismo de nicho en especies hermanas de aves del norte de Sur América(Universidad Industrial de Santander, 2021) Robles Serrano, José Wilson; Arbeláez Cortés, Enrique; Trujillo Arias, NataliaSe evaluó la hipótesis de conservadurismo de nicho en 10 pares de especies hermanas de aves con distribuciones en el norte de Suramérica a lo largo de los Andes. Para esto se compiló una base de datos con información geográfica de los puntos de ocurrencia de cada especie de acuerdo con la información de bases de datos públicas y datos de variables climáticas. Se utilizó el método de máxima entropía (Maxent) para crear modelos de nicho ambiental que permitieron la obtención de los índices de superposición de nicho observados entre pares de especies, mediante un test de superposición de nichos. Las diferencias entre los nichos se evaluaron comparando los índices de superposición de nichos mediante un test de similaridad de nichos empleando el software ENMtools. Los resultados soportan la hipótesis del conservadurismo de nicho para seis de los diez pares de especies; sugiriendo que el conservadurismo de nicho es un factor común durante la divergencia y especiación de linajes de aves montanas neotropicales. No obstante los otros pares de especies presentaron resultados singulares que indican la existencia de otros factores adicionales durante esta diversificación al Norte de Suramérica.Item Caracterización preliminar de la diversidad de anfibios y reptiles de una zona de reserva campesina del sur de Bolívar(Universidad Industrial de Santander, 2021) Rodríguez Rueda, Daniel Felipe; Ramírez Pinilla, Martha Patricia; Serrano Cardozo, Víctor Hugo; Meneses Pelayo, Elson FerleySe presentan los resultados correspondientes al componente herpetofaunístico del Proyecto 1: "Inventario de la diversidad biológica en una región del sur de Bolívar, Colombia" enmarcado en el programa BioReto XXI15:50. El presente estudio tuvo como fin caracterizar el ensamblaje herpetofaunístico presente en una localidad de la Zona de Reserva Campesina del Valle del Río Cimitarra (ZRCVRC). Para tal fin, se realizaron dos salidas de campo con duración de 15 días cada una entre junio y julio de 2019. Se lograron registrar 33 especies de anfibios y 47 de reptiles, de éstas 12 son endémicas para Colombia (8 anfibios y 4 reptiles) y 5 se encuentran bajo alguna categoría de amenaza según la IUCN (1 en peligro crítico, 2 vulnerables y 2 casi amenazadas). En cuanto a la diversidad entre coberturas vegetales, tanto para los anfibios como para los reptiles, los bosques ostentaron la mayor riqueza y diversidad, seguidos por las zonas de transición y finalmente los potreros. También se pudieron evidenciar asociaciones de la herpetofauna con determinadas coberturas vegetales y/o sustratos. Aunque la composición del ensamblaje herpetofaunístico de ZRCVRC fue más similar a otros ensamblajes de localidades del Valle del Magdalena Medio, que con respecto a ensamblajes del Caribe y del Pacífico colombiano, existen ciertas especies compartidas con estas dos regiones, algunas de ellas reportadas por primera vez para el Valle del Magdalena Medio. Teniendo en cuenta que la mayoría de los bosques húmedos tropicales atraviesan por distintos procesos de intervención, la alta diversidad de la herpetofauna encontrada y el grado de similitud biogeográfica de nuestra zona de estudio con otras presentes en el Magdalena, consideramos que ZRCVRC es un área que resulta importante para la conservación de la herpetofauna presente en los últimos relictos de bosque húmedo tropical del Sur de Bolívar y del Magdalena Medio colombianoItem Rasgos funcionales y composición química foliar en especies arbóreas en un área de restauración ecológica del bosque andino en la provincia de soto, santander(Universidad Industrial de Santander, 2020) Galvis Gómez, Juan Sebastián; Rodriguez Lopez, NelsonLos bosques de los Andes Tropicales del norte de Suramérica, debido a las actividades antrópicas, están sometidos a un proceso de degradación, asociado al cambio en el uso del suelo y la ampliación de la frontera agropecuaria. En los procesos de restauración ecológica, actualmente, se utilizan especies arbóreas nativas e introducidas; sin embargo, poco se conoce sobre su capacidad de aclimatación y respuesta a la disponibilidad de recursos. En este trabajo se evaluaron los rasgos alométricos, los rasgos funcionales y la composición química foliar en plantas de Myrcianthes leucoxyla (arrayán), Fraxinus uhdei (urapán), Quercus humboldtii (roble andino) con aproximadamente 5 años desde su siembra, expuestas de forma aleatoria a plena exposición solar y al sombrío natural, en un área de restauración ecológica de la subcuenca del río Suratá en la provincia de Soto en el departamento de Santander. Los rasgos alométricos, los rasgos funcionales y la composición química foliar se sometieron a las pruebas de t, PERMANOVA, análisis de componentes principales y n-MDS. El análisis integral de los rasgos alométricos, funcionales y químicos foliares en los individuos de las especies arrayán, roble andino y urapán, presentaron diferencias intra e interespecíficas, tanto en la magnitud de respuesta, en función del tipo de rasgo y de su exposición a la disponibilidad de luz. Sin embargo, además de la oferta lumínica dependen de la disponibilidad de los recursos del suelo debido a que estas áreas son montañosas e inclinadas, con baja disponibilidad de recursos del suelo. De esta manera la selección de las especies depende hábitat específico y de la contribución de la plasticidad e integración fenotípica de las especies, basado en las estrategias conservativas o adquisitivas y el espectro de la economía foliar de las especies.Item Avifauna de un bosque húmedo de tierras bajas al sur de Bolívar (Colombia)(Universidad Industrial de Santander, 2020) Peláez Rodríguez, Jonatan David; Arbeláez Cortés, Enrique; Villamizar Escalante, DanielaAl sur de la Serranía de San Lucas, en el departamento de Bolívar, la deforestación y la transformación de los ecosistemas continúa, amenazando la integridad de uno de los últimos refugios de biodiversidad al norte de Colombia. Conocer y tomar registros de las especies de aves que habitan la zona permitirán conocer mejor la biodiversidad que puede estar siendo amenazada por este proceso antrópico, permitiendo así que se generen esfuerzos de conservación. En este trabajo, se documentan las especies resultado de recolectas de avifauna y métodos complementarios como observaciones y grabaciones de audio, en las zonas boscosas de la vereda Santo Domingo, Cantagallo, Bolívar. Cubriendo un área de 4 km2 y tras un esfuerzo de muestreo de 707 horas red, así como recolectas adicionales con pistola de aire, se capturaron alrededor de 500 aves de las cuales se recolectaron 266 individuos pertenecientes a 77 especies, 25 familias y 12 órdenes, de donde se obtuvieron también tejidos para futuros análisis moleculares. La serie completa se ingresó en la Colección Ornitológica de la Universidad Industrial de Santander. Se observaron 131 especies (87 no recolectadas) y en las grabaciones se identificaron 2 especies que no fueron recolectadas ni observadas. A pesar del alto grado de intervención antrópica en la zona, estos bosques mantienen una avifauna diversa y representativa de los Bosques Húmedos del Magdalena Medio Colombiano. Este trabajo aporta a la caracterización de la biota en la zona, conectando vacíos de conocimiento ornitológico, y por su énfasis en la recolecta de especímenes y tejidos, fortalece una de las colecciones científicas del país, a partir de la cual es posible realizar otros tipos de estudios (e.g., análisis de variación fenotípica y genotípica).Item Variabilidad genética y análisis poblacional de una especie de onicóforo en dos localidades del flanco occidental de la cordillera oriental de Colombia(Universidad Industrial de Santander, 2020) Cote Rojas, Santiago; Torres, Jorge Hernandez; Hernandez Lagos, Oscar YesidLos onicóforos son macroinvertebrados carnívoros terrestres asociados a microhábitats húmedos y oscuros. Existen registradas aproximadamente 183 especies válidas distribuidas en dos familias. La familia Peripatidae presenta una distribución circumtropical y la familia Peripatopsidae presenta distribución Austral. Son organismos nocturnos sensibles a la desecación, lo cual reduce su capacidad de dispersión y los hace susceptibles a perturbaciones en su ambiente. Por estas razones, se consideran de vital importancia para estudios en el ámbito de la filogeografía, genética poblacional y conservación. Con éxito, marcadores moleculares mitocondriales como los genes COI, 12S y 16S ADNr han revelado una alta diversidad taxonómica, endemismo localizado y especiación críptica, en diferentes especies de onicóforos, antes desconocidas. En Colombia, existe poca información sobre la diversidad y estado actual del grupo. Únicamente hay registro de 5 especies descritas hace más de 100 años y no existe voucher en colecciones nacionales; así mismo, las dinámicas de las poblaciones presentes en el país son desconocidas. Por esta razón, nos planteamos el objetivo de determinar la estructura poblacional y diversidad genética de dos poblaciones de onicóforos (Onychophora: Peripatidae). Nuestros resultados evidenciaron que i) los individuos muestreados en un mismo tronco se componen de diferentes genotipos; ii) ambas poblaciones presentan diversidad nucleotídica baja e índices de neutralidad negativos y significativos indicando que han sufrido procesos de pérdida de diversidad genética por cuello de botella, seguidos de expansiones demográficas recientes; iii) los valores de Fst fueron altos y significativos evidencian que la estructura poblacional entre las localidades es alta; y iv) el número efectivo de migrantes así como la ausencia de haplotipos compartidos indican que el flujo génico ha sido nulo entre ambas poblaciones. Los valores de θ-s de Watterson obtenidos sugieren que los tamaños de las poblaciones son mayores a lo esperado para organismos saproxílicos de baja vagilidad. Estos resultados constituyen el primer estudio poblacional para onicóforos en Colombia.Item Producción heteróloga y determinación de la actividad hidrolasa de p-nitrofenil-palmitato (p-npp), de la lipasa lipb de amycolatopsis sp. atcc 39116(Universidad Industrial de Santander, 2020) Ramírez Camacho, Alejandra; Hernandez Torres, Jorge; Serna Daza, Oriana DanutaLas lipasas microbianas son muy apetecidas en la industria por su gran potencial biotecnológico. Su uso se ve limitado por los costos de producción e importación, por lo cual, se está a la búsqueda de una producción local de lipasas, especialmente en modelos de expresión bacterianos. Anteriormente, en el CINBIN se adelantó la caracterización bioinformática de una secuencia de lipasa potencial de Amycolatopsis sp., con características estructurales y funcionales similares a CalB de Candida antarctica, un referente en la industria. No obstante, no se sabe nada sobre su actividad enzimática in vitro. En este trabajo de grado, se expresó el gen LipB de Amycolatopsis sp. en Escherichia coli y se demostró la capacidad de la enzima Amyco_LipB para hidrolizar ésteres de cadena larga. Inicialmente, se diseñó un gen LipB compatible con el sistema de expresión de E. coli, basados en la secuencia proteica alojada en Genbank. Posteriormente, el gen LipB sintético se expresó en E. coli con el vector pET-22b. Se encontró que la enzima recombinante Amyco_LipB se expresa en cantidad suficiente para pruebas de actividad con extractos crudos, pero es insoluble yItem Especificidad y posible mecanismo de acción del péptido antimicrobiano gam019 y sus análogos gam020, gam022 y gam026 contra bacterias gram positivas y gram negativas(Universidad Industrial de Santander, 2020) Correa Duarte, Stefania; Urquiza Martinez, Mauricio; Méndez Sánchez, Stelia CarolinaActualmente, los efectos secundarios derivados del uso de antibióticos y la creciente resistencia bacteriana se han convertido en uno de los mayores retos para la salud. Los péptidos antimicrobianos (PAMs) son pequeñas moléculas catiónicas que hacen parte de la solución a este reto; Son generadas por el sistema inmune innato de gran variedad de organismos vivos que abarcan todos los órdenes de vida. Exhiben un amplio espectro de acción, especificidad y distintas conformaciones estructurales lo cual les facilita unirse e interactuar con las membranas celulares bacterianas generando daño interno y en su morfología. En este trabajo se evaluó la actividad y la selectividad o especificidad de cuatro PAMs sintéticos GAM019, GAM020, GAM022 y GAM026, los cuales tienen una corta cadena de 17 aminoácidos (a excepción de GAM026, el cual posee 25 aminoácidos) en su estructura primaria. Se realizaron cambios en la posición de algunos aminoácidos con el fin de variar la estabilidad de su estructura secundaria alfa hélice y evaluar el efecto en bacterias Gram positivas y Gram negativas. Se encontró que estos péptidos actúan en ambos grupos de bacterias y presentaron baja actividad citotóxica en línea celular HepaRG y baja actividad hemolítica en glóbulos rojos. El péptido GAM019 exhibió mayor potencial antibacteriano, con Concentración Mínima Inhibitoria de 15.1 y 26.9 μM para Staphylococcus aureus ATCC 9123 y Escherichia coli ATCC 95222, respectivamente. También se encontró que GAM019 genera cambios en la morfología bacteriana, afecta la respiración bacteriana y promueven la formación de Especies Reactivas de Oxígeno. Estos resultados sugieren que la estructura de alfa hélice es clave para la actividad antimicrobiana que presentan los péptidos. GAM019 es el péptido con mayor porcentaje de helicicidad y a su vez quien presentó actividad antimicrobiana significativa a diferencia de los otros péptidos. Lo anterior, convierte a GAM019 en un buen candidato para ser usado como un antimicrobiano de amplio espectro.