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Herramienta web para predecir la estructura secundaria de proteínas usando máquinas de soporte vectorial

Resumen

El presente proyecto tiene el propósito de llevar a la web el proceso de predicción de la estructura secundaria de una proteína, conociendo la secuencia primaria se puede codificar dicha secuencia en subsecuencias llamadas N-gramas, a su vez agregando información estadística y teniendo en cuenta las propiedades físico-químicas de los aminoácidos se puede generar información que permite establecer un conjunto de datos (Vector de Codificación) sobre el cual se hará la predicción de los motivos estructurales correspondientes a la estructura secundaria por medio del uso de máquinas de soporte vectorial, dicha predicción es un problema de multiclasificación y se resuelve a través de clasificadores binarios. Algunos métodos computacionales han demostrado ser de gran ayuda a la hora de predecir la estructura secundaria de una proteína, para este trabajo se emplearon Maquinas de Soporte Vectorial (MSV) las cuales partir de la cadena de aminoácidos (Estructura Primaria) pueden entrenarse para que aprendan a reconocer que subsecuencias de aminoácidos pueden producir determinados motivos estructurales (Estructura Secundaria). La herramienta se implementó en un entorno web a través de una aplicación Cliente-Servidor con la cual el usuario puede realizar la predicción de la estructura secundaria de una proteína de manera sencilla, ingresando la secuencia de aminoácidos a través de un formulario HTML y enviando la información a un Servlet que procesa la secuencia y retorna la predicción, esta herramienta web es importante debido a la disponibilidad y fácil acceso que ofrece, además es de gran ayuda a los usuarios que necesiten disponer de herramientas bioinformáticas que aporten en la obtención de resultados en sus investigaciones.