Dinámica espacio-temporal del virus del dengue en Santander, un área endémica de Colombia

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dc.contributor.advisorOcaziones de Conde, Raquel Elvira
dc.contributor.authorJimenez Silva, Cinthy Lorena
dc.date.accessioned2024-03-03T23:33:51Z
dc.date.available2017
dc.date.available2024-03-03T23:33:51Z
dc.date.created2017
dc.date.issued2017
dc.description.abstractConocer la dinámica espacio temporal del Virus Dengue (DENV) es indispensable para comprender el patrón epidemiológico del dengue en Colombia. El objetivo de este trabajo fue inferir la diversidad genética, evolución, fitogeografía del virus del dengue en AMB- Santander y relacionar cambios en la diversidad genética con el patrón de prevalencia en Santander. Se incluyeron virus de 13 años (1998 2015). Se obtuvieron 76 secuencias del gen E y junto con secuencias representativas descargadas de GenBank. Se reconstruyó la historia evolutiva y de dispersión usando modelos coalescentes y filogeográficos discretos. Se estimó la diversidad genética de la población viral local y se relacionó con el patrón de prevalencia. Con cada serotipo han ocurrido varias introducciones de cepas pero solo una estableció transmisión. La frontera Colombo Venezolana y la región del Caribe se identificaron como orígenes geográficos de los cuatro serotipos. De DENV-1, -2, y -4 se recuperaron un linaje de un único genotipo que estableció transmisión, los cuales se introdujeron con mayor probabilidad en los años 80 y 90. La selección purificadora (Tajima < 1.0; dN/dS < 1.0) ha actuado sobre las cuatro poblaciones a tasas de evolución esperadas (1x10-3 9x10-4 s/s/a) y solo en DENV-4 se evidenció selección positiva en los codones 64 y 309 del gen. DENV-1 presentó incremento del tamaño de la población (Ne) y esto correlacionó (r-Sperman = 0.73, p < 0.05) con prevalencia. La introducción de otro linaje DENV-3 incremento Ne pero no se correlacionó con incremento de la prevalencia. DENV-2 y DENV-4 presento un leve incremento de Ne pero sin correlación con prevalencia del virus. El estudio muestra un constante intercambio de virus y una a alta y sostenida transmisión local en AMB- Santander de 1998 al 2015 por lo que es necesario una continua y efectiva vigilancia del DENV siendo critica para el control del dengue. i
dc.description.abstractenglishTo know spatial-temporal dynamics of Dengue Virus (DENV) is crucial to understand the epidemiological pattern of dengue in Colombia. The aim of this work was to study evolution and dispersal aspects of all four dengue serotypes, and to relate the findings to virus predominance in Santander. The E gene of 76 DENV strains isolated from 1998 - 2015 were sequenced. New sequences were combined with representative time-stamped sequences retrieved from GenBank®: Phylogenetic and phylogeographic methods were used. For all serotypes, introductions of strains occurred more than once but only one established transmission. The Colombian Venezuelan border and the Caribbean region were evidenced as geography origins of all serotypes. For DENV-1, -2, and -4 one genotype and one lineage were recovered, which were most likely to be introduced in the 80´s (tMRAC) and 90´s (tMRAC: DENV-1 1986 (95 % BCI: 1986 -1988), DENV-2 1986 (95 % BCI: 1985-1988) y DENV-4 1989 (95 % BCI 1989-1994). For DENV-3 one genotype and two lineages were recovered, which was most likely to be imported in the 90`s (tMRCA: 1991 (95 % BCI: 1991-1992) y 1992 (95 % BCI: 1991-1994)). Purifying selection (Tajima <1.0; dN / dS <1.0) has acted on all four serotypes, evolution rates were inferred between 1x10-3 - 9x10-4 s/s/y. Positive selection was detected only for DENV-4 on 64 and 309 codons of gene E. DENV-1 diversified into five genetic variants that co-circulated with a rise in population size (Ne) that correlated with virus predominance (r-Sperman = 0.73, p <0.05). The introduction of a new DENV-3 lineage was associated with a rise in Ne but correlation with predominance was not evidenced. DENV-4 and DENV-2 diversified into three genetic variants and slight rise of Ne but not correlation with virus predominance were evidenced. The findings of this work can be explained the transmission patters of serotypes in Santander, and they could be considered for making decisions in dengue control. iii
dc.description.degreelevelMaestría
dc.description.degreenameMagíster en Ciencias Básicas Biomédicas
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.instnameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.reponameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.repourlhttps://noesis.uis.edu.co
dc.identifier.urihttps://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/37508
dc.language.isospa
dc.publisherUniversidad Industrial de Santander
dc.publisher.facultyFacultad de Salud
dc.publisher.programMaestría en Ciencias Básicas Biomédicas
dc.publisher.schoolEscuela de Bacteriología y Laboratorio Clínico
dc.rightshttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
dc.rights.accessrightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.creativecommonsAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)
dc.rights.licenseAttribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0
dc.subjectDenv
dc.subjectFilogenia
dc.subjectFilodinamica
dc.subjectDiversidad Genética
dc.subject.keywordDengue Virus
dc.subject.keywordSerotypes
dc.subject.keywordPhylogeny
dc.subject.keywordFilodynamics
dc.subject.keywordGenetic Diversity
dc.titleDinámica espacio-temporal del virus del dengue en Santander, un área endémica de Colombia
dc.title.englishSpace-temporal dynamics of the dengue virus in santander, a endemic area of colombiaiii
dc.type.coarhttp://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
dc.type.hasversionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_bdcc
dc.type.localTesis/Trabajo de grado - Monografía - Maestria
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