Design of sirna sequences and in vitro evaluation against strategic targets of nef gene of human immunodeficiency virus type 1

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dc.contributor.advisorArteaga, Herman Jose
dc.contributor.authorAlvarez Rozo, Lenis
dc.date.accessioned2024-03-03T17:35:35Z
dc.date.available2009
dc.date.available2024-03-03T17:35:35Z
dc.date.created2009
dc.date.issued2009
dc.description.abstractRNA interferente (RNAi) es una función biológica conservada de silenciamiento genético mediada por oligonucleótidos pequeños de RNA interferente que destruyen de manera específica RNA mensajeros complementarios. RNAi actúa como un sistema antiviral, así como un sistema de regulación de la expresión genética. Diferentes genes del VIH-1 han sido eficientemente silenciados mediante siRNAs. Sin embargo, mutantes que escapan a este efecto son rápidamente inducidos. Proteínas esenciales para la replicación viral deben trabajar en un amplio rango de mutantes. En caso contrario, proteínas que confieren virulencia, pero no son esenciales para la replicación, cuando son blancos de siRNA podrían inducir la aparición de mutantes de baja virulencia que están bajo una presión selectiva menor. Blancos estratégicos, como secuencias que codifican para dominios altamente conservados y funcionales, pueden atenuar este fenómeno o producir cepas no viables de VIH-1. Nef es una proteína de virulencia, pero no es necesaria para la replicación. En este trabajo, cuatro blancos de siRNA fueron reconocidos para Nef en el tracto de polipurina, región de miristilación, motivo rico en prolinas y región de dimerización. Eficientes siRNAs contra estas regiones fueron identificadas de 11 secuencias de siRNA en forma de pinza (shRNA), las cuales fueron diseñadas manualmente, clonadas como shRNA en un plásmido Pol III y co-transfectadas en células HeLaT4 con un vector reportero que expresa la proteína de fusión Nef-dEGFP. Se identificaron shRNAs altamente eficientes contra la región rica en prolinas (2 secuencias con más del 95% de inhibición), la señal de miristilación (1 secuencia con 95% de inhibición), la región de dimerización (2 secuencias con 95% inhibición) y el Tracto de Polipurina (1 secuencia con 85% de inhibición). Por lo tanto, plásmidos que expresan shRNAs contra VIH-1 generados mediante este método pueden ser mejores candidatos para evitar la inducción de mutantes que escapan al efecto de RNA interferente.
dc.description.abstractenglishRNA interference (RNAi) is a conserved biological function of gene silencing mediated by double stranded small interfering RNA (siRNA) oligonucleotides, which cleavage only exact complementary mRNA. RNAi acts as an antiviral and also as a geneexpression regulation system. Several sequences of different HIV-1 genes have been efficiently targeted by artificial siRNA. However, given to the high mutation rate of the HIV-1 genome viral escape mutants are rapidly induced. Essential proteins for viral replication should work at a wide extent of mutated variants. Conversely, proteins conferring viral virulence, but not essential for replication, when targeted by siRNA, could induce low virulence escape mutants which are under lower selective pressure. Strategic selection of targets, i. e., sequences coding for highly conserved and functional domains, may attenuate this phenomenon or produce disable mutated HIV-1 strains. Nef is a viral virulence protein, but not necessary for replication. In this work, four strategic siRNA targets were recognized for nef at the polypurine tract and myristoylation, Proline-rich motif and dimerization regions. Efficient siRNAs against them were identified from 11 shRNA sequences designed by hand after cloning them as shRNAs into a pol III plasmid and co-transfection in HelaT4 cells with a Nef-GFP reporter vector. Highly efficient shRNAs against the Proline-rich motif (2 with more than 95% of reporter expression inhibition), the Myristoylation signal (1 with 95%), the dimerization (2 whit 95%) and the Polypurine tract (1 with 85%) regions were identified. Furthermore, plasmids expressing shRNA against HIV-1 generated by this approach may be better candidates for avoiding induction of escape mutants.
dc.description.degreelevelMaestría
dc.description.degreenameMagíster en Ciencias Básicas Biomédicas
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.instnameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.reponameUniversidad Industrial de Santander
dc.identifier.repourlhttps://noesis.uis.edu.co
dc.identifier.urihttps://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/22620
dc.language.isospa
dc.publisherUniversidad Industrial de Santander
dc.publisher.facultyFacultad de Salud
dc.publisher.programMaestría en Ciencias Básicas Biomédicas
dc.publisher.schoolEscuela de Bacteriología y Laboratorio Clínico
dc.rightshttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
dc.rights.accessrightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.creativecommonsAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)
dc.rights.licenseAttribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0
dc.subjectVIH-1
dc.subjectGen nef
dc.subjectRNA interferente
dc.subjectSecuencias pequeñas de RNA interferente-siRNA
dc.subjectProteína de fusión reportera Nef-dEGFP
dc.subject.keywordHIV-1
dc.subject.keywordNef gene
dc.subject.keywordRNA interference
dc.subject.keywordSmall interfering RNA sequence
dc.subject.keywordFusion reporter protein Nef-dEGFP
dc.titleDesign of sirna sequences and in vitro evaluation against strategic targets of nef gene of human immunodeficiency virus type 1
dc.title.englishDesign of sirna sequences and in vitro evaluation against strategic targets of the nef gene of human immunodeficiency virus type 1
dc.type.coarhttp://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
dc.type.hasversionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_bdcc
dc.type.localTesis/Trabajo de grado - Monografía - Maestria
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