Ensamblaje de novo y anotación funcional in silico de las toxinas encontradas en la glándula de Duvernoy  de las serpientes Boiruna sertaneja y Erythrolamprus aesculapii

Castillo Calderón, Brayan Fahir

Ensamblaje de novo y anotación funcional in silico de las toxinas encontradas en la glándula de Duvernoy de las serpientes Boiruna sertaneja y Erythrolamprus aesculapii

dc.contributor.advisor	Bayona Serrano, Juan David
dc.contributor.advisor	Cano Calle, Herminsul de Jesús
dc.contributor.author	Castillo Calderón, Brayan Fahir
dc.contributor.evaluator	Marchant Rojas, Sergio Andrés
dc.date.accessioned	2022-04-06T15:10:36Z
dc.date.available	2022-04-06T15:10:36Z
dc.date.created	2022-03-29
dc.date.embargoEnd	2025-12-30
dc.date.issued	2022-03-29
dc.description.abstract	Durante más de un siglo, los venenos de serpiente se han sometido a análisis mediante técnicas de primera generación, que incluyen la química de proteínas, la farmacología comparativa y los métodos cladísticos generados de la biología evolutiva. Además, los avances en biología molecular, particularmente en las llamadas técnicas de secuenciación “ómicas” (Genómica, Transcriptómica y Proteómica) ampliaron la comprensión de la composición y catalogación de los venenos. En la actualidad, los métodos de nueva generación, en los cuales se incluyen la secuenciación transcriptómica (RNA-seq), la secuenciación genómica y la espectrometría de masas de alta resolución, han acelerado la obtención de secuencias y los análisis composicionales, sentando las bases para la exploración biotecnológica a gran escala de los venenos de serpiente. Debido a que la mayoria de información importante de las familias y superfamilias de toxinas reportadas, ha sido a partir de venenos de serpientes que principalmente representan un riesgo para la salud humana (Viperidae, Elapidae y Atractaspididae), la diversidad de toxinas en serpientes productoras de veneno no se ha evaluado de forma homogénea en todos los grupos, dejando un enorme vacío en el conocimiento del repertorio de toxinas en especies pertenecientes a la familia Colubridae. En la presente pasantía se ensamblaron de novo los transcriptomas de la glándula de Duvernoy de Boiruna sertaneja y Erythrolamprus aesculapii utilizando diferentes tipos de software en el proceso de ensamblaje (enfoque híbrido), identificando un total de 20 familias de toxinas, siendo las SVMP-PIII, CRISPs y CTLs las familias de toxinas predominantes en la gándula de Duvernoy de los individuos estudiados de estas dos especies. Además, se identificaron dos familias de toxinas (MMPs y PLA2-IIE) que han sido poco reportadas en los venenos de serpientes.
dc.description.abstractenglish	For more than a century, snake venoms have been subjected to analyses using first-generation techniques, including protein chemistry, comparative pharmacology, and cladistic methods generated from evolutionary biology. In addition, advances in molecular biology, particularly in the so-called "omics" sequencing techniques (Genomics, Transcriptomics and Proteomics) broadened the understanding of the composition and cataloging of poisons. Today, new-generation methods, including transcriptomic sequencing (RNAseq), genomic sequencing, and high-resolution mass spectrometry, have accelerated sequencing and compositional analysis, laying the groundwork for large-scale biotechnological exploration of snake venoms. Because most of the important information on toxin families and superfamilies reported has been from snake venoms that primarily pose a risk to human health (Viperidae, Elapidae, and Atractaspididae), the diversity of toxins in toxin-producing snakes has not been evaluated homogeneously in all groups, leaving a huge gap in the knowledge of the repertoire of toxins in species belonging to the Colubridae family. In this internship, the transcriptomes of the Duvernoy gland of Boiruna sertaneja and Erythrolamprus aesculapii were assembled de novo using different types of software in the assembly process (hybrid approach), identifying a total of 20 families of toxins, being SVMP-PIII, CRISPs and CTLs the main families of toxins in the Duvernoy's gland of the studied individuals of these two species. In addition, it was possible to identify two families of toxins (MMPs and PLA2-IIE,) that have been scarcely reported in snake venoms.
dc.description.degreelevel	Pregrado
dc.description.degreename	Biólogo
dc.format.mimetype	application/pdf
dc.identifier.instname	Universidad Industrial de Santander
dc.identifier.reponame	Universidad Industrial de Santander
dc.identifier.repourl	https://noesis.uis.edu.co
dc.identifier.uri	https://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/9715
dc.language.iso	spa
dc.publisher	Universidad Industrial de Santander
dc.publisher.faculty	Facultad de Ciencias
dc.publisher.program	Biología
dc.publisher.school	Escuela de Biología
dc.rights	info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.accessrights	info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.coar	http://purl.org/coar/access_right/c_abf2
dc.rights.creativecommons	Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)
dc.rights.license	Attribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
dc.rights.uri	http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
dc.subject	Ensamblaje
dc.subject	Boiruna sertaneja
dc.subject	Erythrolamprus aesculapii
dc.subject	Toxinas
dc.subject	Secuenciación
dc.subject	Venenos
dc.subject.keyword	Assembly
dc.subject.keyword	Boiruna sertaneja
dc.subject.keyword	Erythrolamprus aesculapii
dc.subject.keyword	Toxins
dc.subject.keyword	Sequencing
dc.subject.keyword	Poisons
dc.title	Ensamblaje de novo y anotación funcional in silico de las toxinas encontradas en la glándula de Duvernoy de las serpientes Boiruna sertaneja y Erythrolamprus aesculapii
dc.title.english	De novo assembly and in silico functional annotation of toxins found in the Duvernoy gland of Boiruna sertaneja and Erythrolamprus aesculapii snakes
dc.type.coar	http://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f
dc.type.hasversion	http://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
dc.type.local	Tesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregrado
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