Ensamblaje de novo y anotación funcional in silico de las toxinas encontradas en la glándula de  Duvernoy de Pseudoboa nigra y Xenodon guentheri

Navarro González, Juan Sebastián

Ensamblaje de novo y anotación funcional in silico de las toxinas encontradas en la glándula de Duvernoy de Pseudoboa nigra y Xenodon guentheri

dc.contributor.advisor	Bayona Serrano, Juan David
dc.contributor.advisor	Cano Calle, Herminsul de Jesús
dc.contributor.author	Navarro González, Juan Sebastián
dc.contributor.evaluator	Marchant Rojas, Sergio Andrés
dc.date.accessioned	2022-04-18T16:22:53Z
dc.date.available	2022-04-18T16:22:53Z
dc.date.created	2022-03-30
dc.date.embargoEnd	2025-12-31
dc.date.issued	2022-03-30
dc.description.abstract	Mas de 10 décadas de estudios bioquímicos y farmacológicos han proporcionado gran información sobre los venenos de serpientes. Antiguamente, estos estudios caracterizaban los venenos mediante enfoques de primera generación como la química de proteínas, la farmacología comparativa y los métodos cladísticos. Sin embargo, en la actualidad la secuenciación transcriptómica (RNAseq) y la secuenciación genómica han permitido reportar un amplio espectro de familias presentes en los venenos de serpientes. Debido a que la mayoría de toxinas que se han reportado ha sido a partir de venenos de las familias Viperidae, Elapidae y Atractaspidae (familias de importancia medica); los venenos de colúbridos aún siguen presentando un vacío de conocimiento sobre su diversidad de toxinas. En esta pasantía se ensamblaron de novo los transcriptomas de la glándula de Duvernoy de Pseudoboa nigra y Xenodon guentheri (Dipsadidae: Xenodontinae) aplicando un enfoque hibrido, utilizando Trinity, rnaSPADES y Extender. Identificamos un total de 23 familias de toxinas siendo las SVMPs, CRISPs y CTLs las que predominaban en los venenos de estas dos especies. Además, identificamos dos familias de toxinas novedosas (MMPs y PLA2s-IIE) que ya habían sido reportadas anteriormente en algunas especies de colúbridos pero que carecen de una caracterización completa. Los niveles de expresión indican que existe una variación intra e interespecífica entre P. nigra y X. guentheri como se habia reportado previamente para vipéridos y elápidos. En conclusión, presentamos información inédita sobre la diversidad de toxinas en dos especies de colúbridos y la comparamos con datos funcionales disponibles en la literatura para inferir los posibles efectos causados por la mordedura de estas especies.
dc.description.abstractenglish	More than 10 decades of biochemical and pharmacological studies have provided great information on snake venom. In the past, these studies characterized venoms using first-generation approaches such as protein chemistry, comparative pharmacology, and cladistic methods. However, modern transcriptomic (RNAseq) and genomic sequencing have made it possible to report a wide spectrum of protein families present in snake venoms. Because most of the toxins that have been reported belong to venoms of the families Viperidae, Elapidae and Atractaspidae (families of medical importance); data about the toxin diversity of colubrid venoms is greatly neglected. In this internship, the Duvernoy's gland transcriptomes of Pseudoboa nigra and Xenodon guentheri (Dipsadidae: Xenodontinae) were de novo assembled applying a hybrid approach, using Trinity, rnaSPADES and Extender. We identified a total of 23 families of toxins, being the SVMPs, CRISPs and CTLs the ones that predominated in the venoms of these two species. In addition, we identified two families of novel toxins (MMPs and PLA2s-IIE) that had been previously reported in some colubrid species but that lack complete characterization. The expression levels indicate that there is an intra and interspecific variation between P. nigra and X. guentheri as previously reported for viperids and elapids. In conclusion, we present unpublished information on the diversity of toxins in two species of colubrids and compare it with functional data available in the literature to infer the possible effects caused by the bite of these species.
dc.description.degreelevel	Pregrado
dc.description.degreename	Biólogo
dc.format.mimetype	application/pdf
dc.identifier.instname	Universidad Industrial de Santander
dc.identifier.reponame	Universidad Industrial de Santander
dc.identifier.repourl	https://noesis.uis.edu.co
dc.identifier.uri	https://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/9927
dc.language.iso	spa
dc.publisher	Universidad Industrial de Santander
dc.publisher.faculty	Facultad de Ciencias
dc.publisher.program	Biología
dc.publisher.school	Escuela de Biología
dc.rights	info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.accessrights	info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.coar	http://purl.org/coar/access_right/c_abf2
dc.rights.creativecommons	Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)
dc.rights.license	Attribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
dc.rights.uri	http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
dc.subject	Colúbrido
dc.subject	Pseudoboa nigra
dc.subject	Xenodon guentheri
dc.subject	Veneno de serpiente
dc.subject	Glándula de Duvernoy
dc.subject	Transcriptoma
dc.subject	Secuenciación transcriptómica
dc.subject.keyword	Colubrid
dc.subject.keyword	Pseudoboa nigra
dc.subject.keyword	Xenodon guentheri
dc.subject.keyword	Snake venom
dc.subject.keyword	Duvernoy's gland
dc.subject.keyword	Transcriptome
dc.subject.keyword	Transcriptomic sequencing
dc.title	Ensamblaje de novo y anotación funcional in silico de las toxinas encontradas en la glándula de Duvernoy de Pseudoboa nigra y Xenodon guentheri
dc.title.english	De novo assembly and in silico functional annotation of toxins found in the Duvernoy's gland of Pseudoboa nigra and Xenodon guentheri
dc.type.coar	http://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f
dc.type.hasversion	http://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
dc.type.local	Tesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregrado
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