Diversidad genética del virus dengue serotipo-1 de Colombia en el periodo 1998-2017
No Thumbnail Available
Date
2018
Authors
Advisors
Evaluators
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Universidad Industrial de Santander
Abstract
El dengue es una de las enfermedades virales más frecuentes en Colombia, las últimas epidemias ocurrieron en 2001-3, 2009-10 y 2013-4. Aunque los cuatro serotipos del virus han estado circulando por años, se desconoce la relación entre dinámica evolutiva de cada uno y el ciclo epidémico. El conocimiento es necesario para el entendimiento global de la trasmisión del dengue. En este trabajo se estudió la diversidad genética de una población del serotipo 1 (DENV-1) que circuló en el país durante 19 años (1998-2017). Se hicieron análisis filogenéticos, de polimorfismo y demográfico comparando 246 secuencias del gen E (168 virus de Colombia) con variados enfoques y herramientas de bioinformática. Los análisis revelaron un linaje del genotipo V, filogenéticamente cercano a virus de Venezuela, Brasil y Argentina, el cual diverge en cinco variantes genéticas (V1-V5). V1, incluye las cepas de la primera epidemia y otras de 1998-2004; V2 y V4 incluyen cepas de la segunda epidemia que circularon por 13-15 años (tMRCA alrededor de 1997 y 2002); y V5 cepas de tercera epidemia y las más recientes (2014-7) que han estado presentes 13 años (tMRCA alrededor de 2004). Cepas de años inter-epidémicos fueron de todas las variantes. No se observó estructura temporal indicando co-circulación de variantes genéticas del serotipo entre 1998-2017. La red de haplotipos reveló cuatro haplogrupos (p<0.01, AMOVA; Fst = 0.39548; p = 0.00) similares a las variantes. El análisis evolutivo indicó selección purificadora (dN/dS<1, in situ como los eventos más probables que dirigieron la diversidad genética viral. Se detectaron siete sustituciones de aminoácidos en la proteína de los virus de Colombia respecto al homólogo del virus CYD-TDV1 de la vacuna Dengvaxia, las cuales se localizan en epítopes para reconocimiento de linfocitos B. El análisis demográfico evidenció incremento constante y oscilante de la diversidad genética (Ne) coincidiendo con co-circulación de linajes, dos mayores incrementos precedieron las epidemias de 2010 y 2013. Los datos confirmar la alta diversidad genética de DENV-1 como factor que contribuye a su propagación. Los hallazgos aclaran parte de la dinámica de DENV de la región, conocimiento necesario para soportar el programa estatal para el control y prevención del dengue.
Description
Keywords
Dengue, Denv-1, Linajes, Diversidad Genética, Sustituciones, Epitopes