Este trabajo de investigación constituye el primer estudio genético del tiburón ballena (Rhincodon typus) en Colombia, caracterizando su diversidad y estimando su estructura genética poblacional a nivel global mediante el análisis de la región control del ADNmt. A partir de muestras provenientes del Santuario de Fauna y Flora Malpelo (Pacífico Colombiano) y una base de datos global. Se identificó una estructura poblacional significativa que define cuatro unidades poblacionales genéticamente diferenciadas: Atlántico, Índico, Pacífico Occidental y Pacífico Oriental. Los individuos del SFFM fueron determinados como parte del Pacífico Oriental, indicando conectividad con poblaciones de Panamá y México. Los altos valores de diversidad haplotípica y la baja diversidad nucleotídica encontrados sugieren una expansión poblacional reciente. Estos resultados subrayan la importancia del Corredor Marino del Pacífico Este Tropical (CMAR) y la necesidad de estrategias de conservación regionales coordinadas para esta especie en peligro de extinción.